Lors de la saison 2, Michael, Lincoln, Sucre, T-Bag, Abruzzi, Patoshik, C-Note et Apolskis étaient les huit fugitifs les plus recherchés d’Amérique.
Durant leur cavale, les deux frères avaient pour but de faire innocenter Lincoln et de retrouver le fameux butin de 5 millions de dollars. Mais c’était sans compter sur le Cartel, bien décidé à les retrouver…
Au cours de la saison 3, Michael se retrouve à nouveau derrière les barreaux mais cette fois au Panama, alors que son frère demeure en liberté. Il n’est pas seul à Sona puisqu’il retrouve Bellick, T-Bag et Mahone.
Mais ce nouvel établissement fait passer Fox River pour un palace ! Uniquement gardé de l’extérieur, aucun gardien n’ose s’y aventurer. A l’intérieur, les détenus sont totalement livrés à eux-mêmes et à ce jeu, c’est Lechero qui fait la loi…
C’est dans cette jungle carcérale que Michael va devoir survivre tout en faisant évader un détenu nommé James Whistler pour le compte du Cartel. Une mission qu’il ne peut refuser car ces derniers détiennent Sara Tancredi et LJ Burrows en otage.
Cette nouvelle saison est malheureusement plus courte que les précédentes, la grève des scénaristes d’Hollywood ayant à l’époque contraint les producteurs à ne réaliser que treize épisodes ! Une saison dans laquelle le nom de Sarah Wayne Callies n’apparaît pas en raison de sa grossesse et de différends entre l’actrice et la production.
Cependant, avec ce retour à la case prison et un suspense haletant à chaque fin d’épisode, cette 3e saison reprend les codes qui ont fait le succès de la saison 1.
